設立の翌年4月に学生を受け入れることができましたが、入学生が極めて少なかったことから、学校はたちまち財政的な経営危機に見舞われました。この危機を多大な貢献によって救ったのが順天堂病院長佐藤進男爵夫人であった佐藤志津でした。佐藤志津は同年より校主となって、生徒、卒業生、職員を一体とする家族的な明るい校風をつくりあげました。
1908年（明治41）には校舎を焼失するという不幸に見舞われますが、佐藤志津の学校存続の固い意志によって新校地を本郷菊坂町（現文京区）に求めて復興し、戦後東京都杉並区に移るまで、「菊坂の女子美」として知られることになります。以後、時代の変化に対応して、1917年（大正6）に設置母体を財団法人化し、1929年（昭和4）には専門学校へと昇格しています。また、1915年（大正4）には付属高等学校・中学校の前身となる付属高等女学校を開学しました。

この間に、学校の規模は大きくなり、校舎と校地は狭隘な状態となっていました。そこで、1925年（大正14）頃から校地の移転が構想され、1935年（昭和10）に東京の杉並区和田本町（現杉並校舎）に移転を実現しています。以後、菊坂の地は高等女学校専用の校地となりました。
杉並の地に移転した後、すでに進んでいた戦争への歩みが暗い影を落とし始めます。非常時の体制がひかれ、世間の美術教育への理解も薄れるとともに、物資は困窮し教育にも支障が出始め、ついには学徒の勤労動員が開始されます。また戦火により、菊坂校舎は焼失してしまいます。しかしながら、幾多の苦難を乗り越え、本校は戦時下においても美術教育の灯りをともし続けました。

戦後、学制改革により、1949年（昭和24）に専門学校から大学への昇格が認められ、新制大学となって校名を「女子美術大学」としました。戦前には女子大学は大学令にもとづく大学として認められず、また女性の大学進学も原則としてできなかったため、ようやくこの学制改革により女性への大学進学の門戸が開かれました。1950年（昭和25）には財団法人を学校法人とするとともに、短期大学部を併設しました。

東京の杉並校舎は大学、短期大学、付属高等学校・中学校が共有していましたが、教育研究環境の拡充、また、社会に対応した「理想的な美術大学の実現」という基本方針のもと、1990年（平成2年）には神奈川県相模原市麻溝台に新たな校地を取得して相模原校舎を建設し、大学を移転しました。さらに教育研究の高度化を目指し、1994年（平成6）に同校舎に大学院を開学しました。

2000年（平成12）には創立100周年を迎え、相模原校舎に念願の大学美術館（女子美アートミュージアム）を建設しました。2003年（平成15）には社会との連携による研究機能、生涯学習機能を強化するため、付置機関として研究所、オープンカレッジセンターを開設しています。
2010年（平成22）には創立110周年を迎え、記念事業、大学の改組を実施します。また杉並校舎を整備して大学の新学科を開設します。